新引進設備入屏障前消毒不徹-底，帶入病原微生物及寄生蟲蟲卵，對動物質量造成影響，常見的病原微生物有沙門氏菌、結核分枝桿菌、鏈球菌、金黃葡萄萄球菌、變形桿菌、牛棒桿菌等;

IVC籠具使用過程中送風管道、回風管道清潔不及時，容易造成粉塵堆積，滋生昆蟲(例如書虱)，昆蟲可攜帶微生物，并通過爬行造成微生物在實驗動物個體之間傳播；

IVC主機及設備縫隙清潔消毒不徹-底容易造成屏障環境潔凈度下降;

IVC籠盒消毒不徹-底，容易造成籠盒內條件致病菌增加，影響動物健康。

利用大型洗籠設備將籠架和籠盒進行清洗，如無設備可人工進行清洗；

對IVC主機外表面的污漬進行人工全面清潔；

利用冷消毒設備用過氧化氫或低濃度次氯酸鈉對籠架和籠盒進行消毒;

用低濃度次氯酸鈉溶液對主機外表面進行擦拭消毒;

沒有自動化設備的實驗室也可通過人工對籠架和主機用消毒液進行表面擦拭，采用熱水清洗的方法將IVC管道、通氣嘴等進行清洗后再傳入設施內。

每天對設施內的IVC設備進行外表面擦拭消毒(包括主機頂端及側面);

定期對IVC籠盒進行高壓滅菌或消毒液浸泡消毒;

定期對IVC送風管道和回風管道進行清洗及消毒;

建立日常檢查計劃(周，月，季度)并按照計劃對IVC消毒工作進行檢查。